O sistema Linux, quando se inicializa, assim como todo sistema operacional ele interage com o hardware do computador, preparando e deixando pronto para uso os recursos da máquina, para que você possa rodar seus programas. O Linux "puro" seria sem uma "interface gráfica", sem janelas de programas, por exemplo.
Primeiro choque para quem está chegando agora é a estrutura de diretórios do Linux, que não lembra em nada o que temos no Windows. Basicamente, no Windows temos os arquivos do sistema concentrados nas pastas C:\Windows\ e C:\Arquivos de programas\ e você pode criar e organizar suas pastas da forma que quiser.
No Linux é basicamente o contrário. O diretório raiz está tomado pelas pastas do sistema e espera-se que você armazene seus arquivos pessoais dentro da sua pasta no diretório /home.
Mas, as diferenças não param por aí. Para onde vão os programas que são instalados se não existe uma pasta central como a arquivos de programas? E para onde vão os arquivos de configuração se o Linux não possui nada semelhante ao registro do Windows?
A primeira coisa com que você precisa se habituar é que no Linux os discos e partições não aparecem necessariamente como unidades diferentes, como o C:, D:, E: do Windows. Tudo faz parte de um único diretório, chamado diretório raiz ou simplesmente "/".
Dentro deste diretório temos não apenas todos arquivos e as partições de disco, mas também o CD-ROM, drive de disquete e outros dispositivos, formando a estrutura que você está vê quando abre o gerenciador de arquivos.
O diretório */bin* armazena os executáveis de alguns comandos básicos do sistema, como o su, tar, cat, rm, pwd, etc. Geralmente isto soma de 5 a 7 MB, pouca coisa. O grosso dos programas ficam instalados dentro do diretório */usr* (de "Unix System Resources"). Este é de longe o diretório com mais arquivos em qualquer distribuição Linux, pois é aqui que ficam os executáveis e bibliotecas de todos os principais programas. A pasta */usr/bin* (bin de binário) por exemplo armazena cerca de 2.000 programas e atalhos para programas numa instalação típica do Linux. Se você tiver que chutar em que pasta está o executável de um programa qualquer, o melhor chute seria justamente a pasta /usr/bin :-)
Outro diretório populado é o */usr/lib*, onde ficam armazenadas bibliotecas usadas pelos programas. A função destas bibliotecas lembra um pouco a dos arquivos .dll no Windows. As bibliotecas com extensão .a são bibliotecas estáticas, enquanto as terminadas em .so.versão (zzz.so.1, yyy.so.3, etc.) são bibliotecas compartilhadas, usadas por vários programas.
Subindo de novo, a pasta */boot* armazena (como era de se esperar) o Kernel ("coração" do sistema) e alguns arquivos usados pelo Lilo (o gerenciador de boot do sistema, caso você esteja utilizando o Lilo), que são carregados na fase inicial da inicialização do computadoer. Estes arquivos são pequenos, geralmente ocupam menos de 5 MB.
Logo abaixo temos o diretório /dev, que é de longe o exemplo mais exótico de estrutura de diretório no Linux. Todos os arquivos contidos aqui, como por exemplo /dev/hda, /dev/dsp, /dev/modem, etc. não são arquivos armazenados no HD, mas sim "links" para dispositivos de hardware. Por exemplo, todos os arquivos gravados no "arquivo" */dev/dsp* serão reproduzidos pela placa de som, enquanto o "arquivo" */dev/ttyS0* contém os dados enviados pelo mouse (ou outro dispositivo conectado na porta serial 1).
Esta organização visa facilitar a vida dos programadores, que podem acessar o hardware do micro simplesmente fazendo seus programas lerem e gravarem em arquivos. Não é preciso nenhum comando esdrúxulo para tocar um arquivo em Wav, basta "copiá-lo" para o arquivo */dev/dsp*, o resto do trabalho é feito pelo próprio sistema. O mesmo se aplica ao enviar um arquivo pela rede, ler as teclas do teclado ou os clicks do mouse e assim por diante.
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